本实用新型公开了一种扫描电子显微镜样品防撞系统,包括:激光束发射模块、CCD探测模块、信号处理系统、运动控制反馈系统和控制中心。其中所述激光束发射模块安装于样品腔室的侧壁上,用于发射一激光束,所述激光束可以是一扫描式激光束或一字线激光束;所述CCD探测模块安装于与所述激光束发射模块相对的侧壁上,用于对穿过样品室的激光束进行探测,产生探测信号;所述信号处理系统对CCD探测模块的探测信号进行处理,用于判断样品是否超过激光束限位高度;所述运动控制反馈系统根据所述信号处理系统的结果做出判断,控制样品台进行下一步动作;所述控制中心对整个系统进行控制,使其能够协调运转。