本实用新型公开了一种扫描电子显微镜样品防撞系统，包括：激光束发射模块、CCD探测模块、信号处理系统、运动控制反馈系统和控制中心。其中所述激光束发射模块安装于样品腔室的侧壁上，用于发射一激光束，所述激光束可以是一扫描式激光束或一字线激光束；所述CCD探测模块安装于与所述激光束发射模块相对的侧壁上，用于对穿过样品室的激光束进行探测，产生探测信号；所述信号处理系统对CCD探测模块的探测信号进行处理，用于判断样品是否超过激光束限位高度；所述运动控制反馈系统根据所述信号处理系统的结果做出判断，控制样品台进行下一步动作；所述控制中心对整个系统进行控制，使其能够协调运转。