发明涉及从中药或天然药物复杂体系中筛选活性成分的方法，提供了一种基于代谢组学和中药化学成分分析技术从中药或天然药物复杂体系筛选活性成分的方法，其特征是：建立相关疾病的动物模型并给予中药或天然药物复方的有效部位或其加/减味方进行干预治疗；针对药物干预治疗的动物体液或组织进行代谢组学研究，获得各药物治疗组的疗效差异信息；应用多元统计分析方法寻找并鉴定差异化学成分，进而获得中药或天然药物复方中具有活性作用的先导化合物或化合物群。本发明的筛选活性成分的方法合理、可行。本发明可以作为从中药或天然药物复杂体系中开发新药的方法，亦可以作为中药或天然药物复方药物质量控制的补充手段。